Ia adalah anak pertama (yang hidup) dari Pangeran Charles dan Maria Luisa dari Parma. Ia juga merupakan cucu dari Raja Charles III dan Maria Amalia dari Sachsen, Ferdinand lahir di Istana El Escorial di dekat Madrid. Pada masa mudanya ia berada dalam posisi yang tidak menguntungkan sebagai pewaris takhta dikarenakan haknya berkuasa dalam pemerintahan di hapus oleh orang tuanya dan Godoy. Ketidakpuasan dalam skala nasional yang terjadi menimbulkan pemberontakan pada 1805. Pada Oktober 1807, Ferdinand ditangkap karena keterlibatannya dalam Konspirasi El Escorial yang mana di sana para reformis liberal menyatakan bersedia menjamin pertolongan dari Kaisar Napoleon dari Perancis. Saat konspirasi terungkap, Ferdinand mengkhianati kelompoknya tersebut dan memohon-mohon pada orang tuanya.